要开启口袋妖怪火红的二周目模式，首先需要完成一周目的全部主线剧情，包括击败关都地区八大道馆馆主、挑战精灵联盟并战胜四天王及冠军。通关后系统会自动存档，重新读取该存档即可进入二周目内容。游戏会从真新镇主角家中开始，大木博士会主动上门拜访，若玩家已收集60种以上宝可梦图鉴，博士将帮助升级为全国图鉴模式，这是开启后续七岛探险的关键前提。
二周目的核心内容围绕七岛展开，玩家需从枯叶市乘船前往一之岛。在岛屿网络中心与NPC对话后，得知修复通信机器需要红蓝宝石。前往灯火山右侧洞穴击败火箭队残党并取得红宝石，将其交还给网络中心NPC可获得彩虹通行证，解锁七岛间的航行权限。返回精灵联盟会发现冰系天王科拿暂时离岗，这是推动后续剧情的重要伏笔。
接下来的探索重点转向四之岛至七之岛的连续任务。在四之岛需进入科拿家右侧的冰洞取得HM07攀瀑技能，随后在五之岛火箭队仓库通过密码获取蓝宝石。六之岛的标记森林和变化洞穴藏有特殊宝可梦，而七之岛则设有高难度的训练师塔。完成宝石交付任务后，游戏将开放与宝石版的通信功能，同时三神鸟和超梦的捕捉剧情也会相继触发。
最终阶段需返回关都地区，华蓝市的华蓝洞窟将解除封锁，玩家可挑战等级高达70级的超梦。二周目还包含多项隐藏要素，如三神鸟的捕捉需分别前往无人发电厂、双子岛和灯火山顶层。整个过程中，NPC对手小茂会多次出现但不再强制对战，这种设计使玩家能更自由地探索新增内容。二周目实质上扩展了原作的地图范围和剧情深度，为通关玩家提供了持续数十小时的额外游戏体验。
