隐藏场景的探索是游戏体验的重要部分。通关后重新进入游戏，玩家将来到二周目模式，主角通常会在自家2楼出现。二周目有大量隐藏要素，包括很多神兽的捕捉，玩家可以获得非常强力的神奇宝贝。地图右侧的律诗湖、上方的英知湖以及左侧的神事湖是红圣菇的所在地，与它对话后得到图鉴，红圣菇会在地图上游走，使用手表13功能可追踪。水手的女儿病了，需要去满月岛找梦兽，坐船来到满月岛内部发现梦兽，得到羽毛后梦兽消失，回到美央市用羽毛治好女孩的病。来到白岱市大木博士的家，228号路的沙漠中有一个洞，金岬市上方神殿需要冰系道馆馆主过来才能进入，最深处发现圣柱王，携带三神柱可与其对战。
口袋妖怪漆黑的魅影二周目可以在秘密基地挑战各个地区的冠军，小绿所秘密基地在115道路，从冬雪镇绕过去可到达。小绿曾是关东地区的冠军，挑战他可以获得经验和金钱。小绿的精灵包括62级的化石翼龙、62级的胡地和63级的椰蛋树，这些精灵的种族值和技能配置较为出色。口袋妖怪究极绿宝石5.5二周目开始后，老爸会给一张船票，记作一号票，二周目的目标是重新挑战游戏并尽可能获得更高成就。冬雪镇向左穿过流星瀑布，在洞口内可以找到小赤和小绿并挑战他们，小赤的精灵包括62级的妙蛙花、喷火龙、水箭龟、乘龙和63级的卡比兽。
口袋妖怪黑白2的二周目要素同样丰富，各种隐藏要素等待玩家发掘。出门遇到劲敌和他的妹妹，他的妹妹梦到一只索罗亚克在冠军之路等着。通过天箭之桥到达矢车森林，与切林一起调查等离子团的踪迹，在深处遇上七贤人之一的阿斯拉，他已改过自新。矢车森林外围的试炼之岩可以让队伍中的格斗系PM打出星之砂，每天一次。穿过矢车森林来到七宝市进入博物馆，芦荟会让你从羽毛化石和龟壳化石中选择一个。与黑白联动过的话，进入图书馆中芦荟的房间可以触发芦荟、亚堤、亚坤三人相关的回忆剧情。从三曜市向右来到梦之迹地，遇到拉迪欧斯黑2或拉帝亚斯白2，经过追逐后发生战斗。
口袋妖怪火红的二周目隐藏场景包括一之岛、灯火山和七岛之间的穿梭。在一之岛遇到阿棉，得知要修好机器需要宝石。再次来到灯火山，往右边走遇到两个火箭队余党，听到第一个密码的情报。在洞内找到红宝石，拿回去交给阿棉，得到彩虹通行证，可以穿梭七岛之间。坐船来到四之岛，遇到小茂，从老者处获得波克比蛋。从水之迷宫向上冲浪来到高级度假村，回五之岛向右来到空地，再向下来到仓库，需要密码。先到回忆之塔逛逛，看到大岩蛇之墓。来到六之岛中心再次遇到小茂，通过水之小径来到绿色小径，进入记号森林，取得蓝宝石但被强盗抢走，得知第二个密码后可以去火箭队仓库。在内部找到现任火箭队老大，击败他后再次解散火箭队，同时抢回蓝宝石。
口袋妖怪蓝宝石复刻的二周目隐藏场景包括绿岭宇航中心和天柱。绿岭宇航中心观测到某陨石改变了轨道正向地球飞来，画面切到天柱，一个深爱着她咕妞妞的妹子。到家楼下，爸爸给了双人票，可以去绿岭市看展览，出门后Zinnia登场自我介绍然后走了。进家门再出来，会发现博士又被追赶，这次是蘑蘑菇，他会送你成都御三家菊草叶、火球鼠或小锯鳄其中的一只。来到小遥家，发现Zinnia偷了她的键石，下一站是橙华市的小光家，发现海潮要抢他和你的键石。电话来了，原来是得文公司的PokeNav新功能，大吾叫你去得文公司一趟，来到卡那兹市的得文公司看到大吾。训练基地是蓝宝石复刻中新增的功能，可以帮助提升宝可梦的等级和战斗能力，二周目可以更早地访问训练基地并使用基地提供的训练设施。
口袋妖怪珍珠钻石的二周目隐藏场景包括真砂镇、冠凤镇和绿缘市。二周目开始后从二楼下来，得知劲敌说金岬市已经可以坐船，先来到真砂镇遇到小光，说冠凤镇的长老呼叫主角。图鉴升级为全国图鉴，得知有了联动公园并得到宝可梦探测器。门口继续小光对话，再跑去小光家跟她妹妹对话得知有大量宝可梦出现的消息。继续小光对话，之后前往绿缘市宝可梦中心隔壁屋子里可以得到伊布。晚上八点过后前往白岱森林可以遇到菜种，进入森之羊馆。从战斗区域向上前往225号路，过道前得到高级钓竿。来到分岔路，先去227号路，遇到劲敌和吉宪。回遗迹区域红发少年家与之对话后跑回坚硬山脉最深处遇到席多蓝恩。回到分岔路往右走到228号路，沙漠屋子里可以学会御三家的究极技能。一路向前跑，经过三个柱子的房间后可以到达骑拉帝纳的房间。
